Если прошло более трех лет, то истекает срок исковой давности по излишне перечисленным обязательным платежам. Три года считают со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права.
Налоговая и фонды отказывают в возврате таких средств. Но можно попытаться вернуть данную переплату, путем обращения в суд.
Для суда организации нужно подготовить аргументы о том, что о возникновении переплаты она узнала позже, или о том, что пропустила срок по уважительной причине.
Но прежде чем обращаться в суд, нужно подать заявление о возврате или зачете в инспекцию. Вам будет отказано, именно это и будет аргументом для обращения в суд. Такой порядок действий следует из Постановления пленума ВАС РФ.